ФНС не будет отказывать в налоговых вычетах, если экспедитора не включили своевременно в реестр по независящим от него причинам

Федеральная налоговая служба (ФНС) России не станет отказывать в вычетах налога на добавленную стоимость (НДС) и в признании расходов для целей налогообложения прибыли организаций, если транспортно-экспедиционная компания не включена в реестр экспедиторов по независящим от нее причинам. Такие разъяснения налогового ведомства опубликованы на сайте Министерства транспорта РФ. Это значит, что компания должна была вовремя подать заявление на регистрацию в реестре и может доказать это соответствующим уведомлением с портала госуслуг с фиксацией даты и времени приема заявки. Напомним: сам обязательный реестр экспедиторов в России запустили с 1-го марта этого года. Зарегистрироваться в нем необходимо было в течение двух месяцев, однако из-за обилия заявок Ространснадзор не успел обработать все обращения, в результате чего экспедиторам и дали отсрочку. В целом же, без регистрации в реестре транспортно-экспедиционные компании в принципе не могут на законных основаниях осуществлять свою деятельность.

«Согласно разъяснениям ФНС, само по себе отсутствие сведений в Реестре о юридическом лице или индивидуальном предпринимателе, осуществляющем транспортно-экспедиторскую деятельность и оказывающем транспортно-экспедиторские услуги налогоплательщику, не влечет риски негативных налоговых последствий для заказчиков (клиентов) в части признания расходов для целей налогообложения прибыли организаций, а также зачета сумм налога на добавленную стоимость по операциям с экспедиторами, статус которых в Реестре не подтвержден на дату совершения операции, при условии наличия доказательств надлежащего исполнения экспедитором обязанности по подаче уведомления в Реестр», — сказано в сообщении Министерства транспорта РФ.

Речь идет о тех случаях, когда экспедитор в установленные сроки, до 30-го апреля 2026-го года, направил через портал госуслуг заявление на регистрацию в реестре, однако пока не включен в него из-за задержек с обработкой заявок со стороны Ространснадзора — оператора реестра.

При этом добросовестное исполнение своих обязанностей экспедитор может подтвердить уведомлением о принятии заявки с фиксацией даты и времени.

Правда, такое послабление будет действовать только до тех пор, пока Ространснадзор не обработает все заявки. Как только это произойдет, экспедиторы, не включенные в реестр (из-за подачи ложных данных, несовпадения сведений и т.п.), не смогут на законных основаниях продолжать работу на рынке, а их клиенты, как следствие, не смогут рассчитывать на налоговые вычеты.

Пока ни в Министерстве транспорта РФ, ни в Ространснадзоре не сообщали о завершении обработки всех заявок. Однако на данный момент в реестре уже зарегистрировано более 62 тыс. экспедиторов.

Обязательный реестр экспедиторов запустили в России с 1-го марта 2026-го года. При этом действующим компаниям и ИП для регистрации в нем дали переходный период в 60 календарных дней. Вот только из-за большого количества заявок, поступивших в сжатые сроки, Ространснадзор, оператор реестра, не успел обработать все запросы, после чего экспедиторов, не включенных в реестр, но подавших заявку, временно освободили от ответственности.